Năm 1999 thảm hoạ. Anh gẫy chân ở Silverstone, trở lại trong hai GP cuối cùng của mùa đua nhưng Hakkinen lại vô địch.
Anh vô địch thế giới năm 2000, khởi đầu cho 5 ngôi quán quân liên tiếp trong sắc áo của Ferrari. Schumacher thắng 10 trong tổng cộng 17 chặng của mùa đua, đánh bại Hakkinen để có ngôi quán quân thế giới thứ 3 cho riêng mình và đầu tiên cho Ferrari sau 21 năm chờ đợi.
Năm 2001, lần thứ hai liên tiếp đăng quang cùng Ferrari, chiến thắng ở 9 GP.
Năm 2003, lần thứ 6 vô địch thế giới (lần thứ 4 liên tiếp), vượt qua kỷ lục 5 lần của Juan Manuel Fangio.